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qrqc
DOI:10.18129 / B9.bioc.qrqc
这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅qrqc。
快速阅读质量控制
Bioconductor版本:3.10
快速扫描读取并收集统计基础和质量频率,读取长度,k-mers位置,和频繁的序列。生产统计图形输出用于质量控制管道,和一个可选的HTML质量报告。S4 SequenceSummary对象允许特定的测试和功能写在收集的数据。
作者:文斯水牛
维修工:文斯水牛< vsbuffalo ucdavis.edu >
从内部引用(R,回车引用(“qrqc”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“qrqc”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“qrqc”)
| R脚本 | 使用qrqc包收集信息序列的品质 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DataImport,预处理,质量控制,测序,软件,可视化 |
| 版本 | 1.40.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.8 (r - 2.13)(9年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | 重塑,ggplot2,Biostrings,biovizBase,酿造,xtable,testthat |
| 进口 | 重塑,ggplot2,Biostrings,biovizBase、图形的方法,plyr,统计数据 |
| 链接 | Rhtslib(> = 1.15.3) |
| 建议 | |
| SystemRequirements | GNU使 |
| 增强了 | |
| URL | http://github.com/vsbuffalo/qrqc |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | qrqc_1.40.0.tar.gz |
| Windows二进制 | qrqc_1.40.0.zip |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | qrqc_1.40.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qrqc |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ qrqc |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/qrqc/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
