此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅杂种。
生物导体版本:3.10
PWOMICS基于基于差异基因/转录本和磷蛋白的预先分析的用户指定列表的匹配的OMIC数据集进行基于途径的水平数据比较。对包括途径鉴定,转录因子鉴定和靶基因鉴定在内的磷酸蛋白质组学数据的单独分析与从基因或转录信息开始的上游分析相反,作为鉴定上游转录因子和潜在蛋白质组学调节剂的基础。跨平台比较分析允许通过提供静态和动态分析工具进行数据集成来全面分析单个时间点实验和时间序列实验。此外,它提供了基于数据集成的单个信号轴的功能。
作者:Astrid Wachter
维护者:Maren Sitte
引用(从r内,输入引用(“ pwomics”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ pwomics”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 基因信号,,,,遗传学,,,,软件,,,,系统生物学,,,,转录 |
版本 | 1.18.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.1(R-3.2)(5年) |
执照 | GPL(> = 2) |
要看 | R(> = 3.2) |
进口 | Data.Table,,,,rbiopaxparser,,,,Igraph,,,,StringDB,图形,GPLOTS,,,,生物酶,,,,生物基因,,,,AnnotationDbi,,,,Biomart,,,,AnnotationHub,,,,基因组机,,,,图形,grdevices,统计,utils |
链接 | |
建议 | EBDBNET,,,,纵,,,,mfuzz |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | pwomics_1.18.0.tar.gz |
Windows二进制 | PWOMICS_1.18.0.ZIP |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | PWOMICS_1.18.0.TGZ |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pwomics |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/pwomics |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/pwomics/ |
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