彪马

doi：10.18129/b9.bioc.puma

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅彪马。

在微阵列分析中传播不确定性（包括Affymetrix Arditional 3'阵列和外显子阵列以及人类转录组阵列2.0）

生物导体版本：3.10

大多数对Affymetrix Genechip数据的分析（包括三个阵列和外显子阵列以及人类转录组阵列2.0）是基于表达水平的点估计值，而忽略了此类估计值的不确定性。通过传播对下游分析的不确定性，我们可以通过微阵列分析改善结果。PUMA软件包首次制造了一套不确定性传播方法，可供普通受众使用。为了从Affymetrix 3'阵列中的钙基因表达附加，PUMA还提供了处理外显子阵列并产生替代剪接研究的基因和同工型表达的方法。PUMA还提供了与以前可用的不确定性传播方法相比的范围和执行速度的改进。包括摘要，差异表达检测，聚类和PCA方法以及有用的绘图函数。

作者：理查德·皮尔森（Richard D.

维护者：xuejun liu

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ puma”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ puma”）

PDF	R脚本	PUMA用户指南
PDF		参考手册

细节

生物浏览	替代方案，，，，贝叶斯，，，，芯片奇普，，，，聚类，，，，DataImport，，，，差异性，，，，差速器，，，，exonarray，，，，基因表达，，，，hta2.0，，，，微阵列，，，，Onechannel，，，，预处理，，，，软件，，，，两通道，，，，Mrnamicroarray
版本	3.28.0
在生物导体中	Bioc 2.0（R-2.5）（13年）
执照	LGPL
要看	r（> = 3.2.0），奥利戈（> = 1.32.0），图形，grdevices，方法，统计，utils，mclust，，，，寡群
进口	生物酶（> = 2.5.5），副词（> = 1.46.0），affyio，，，，寡群
链接
建议	Pumadata，，，，Affydata，，，，雪，，，，林玛，，，，rocr，，，，注释
系统要求
增强
URL	http://umber.sbs.man.ac.uk/resources/puma
取决于我	Pumadata
进口我
建议我	蒂格
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	puma_3.28.0.tar.gz
Windows二进制	puma_3.28.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	puma_3.28.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/puma
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/puma
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/puma/
软件包下载报告	下载统计