psichomics

DOI:10.18129 / B9.bioc.psichomics

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅psichomics。

图形界面对可变剪接量化、分析和可视化

Bioconductor版本:3.10

交互式R包和直观Shiny-based图形界面对可变剪接的量化和综合分析可变剪接基于癌症基因组图谱和基因表达(TCGA) Genotype-Tissue表达项目(GTEx),读取存档(SRA)和用户提供的数据序列。工具的交互式地执行生存,降维,variance-based微分中值拼接和基因表达分析,受益于公司的临床和分子sample-associated特性(如肿瘤阶段或生存)。互动视觉获得基因映射和功能注释选择可变剪接事件也包括在内。

作者:努诺·Saraiva-Agostinho (aut (cre)努诺·路易斯•Barbosa-Morais (aut、领导、手),安德烈·法尔考(黑色),莉娜加利西亚的部门(施),玛丽Bordone[所有],特蕾莎修女玛雅[所有],马里亚纳费雷拉(施),安娜卡Leote[所有],Bernardo de Almeida(施)

维护人员:努诺·Saraiva-Agostinho < nunodanielagostinho gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“psichomics”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“psichomics”)

HTML	R脚本	案例研究:命令行界面(CLI)
HTML	R脚本	案例研究:视觉界面
HTML	R脚本	准备可变剪接注释
HTML	R脚本	SRA和用户提供的RNA-seq数据分析
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing,BiomedicalInformatics,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,GUI,GeneExpression,ImmunoOncology,MultipleComparison,PrincipalComponent,RNASeq,测序,软件,生存,转录,转录组,可视化
版本	1.12.1
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(3.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6),闪亮的(> = 1.0.3),shinyBS
进口	AnnotationDbi,AnnotationHub,BiocFileCache,集群,colourpicker,data.table,消化,dplyr,DT(> = 0.2),刨边机,fastICA,fastmatch,ggplot2,ggrepel、图形、grDeviceshighcharter(> = 0.5.0),htmltools,httr,jsonlite,limma,miscTools,pairsD3,plyr,Rcpp(> = 0.12.14),重新计票,R.utils,reshape2,shinyjs,stringr统计数据,SummarizedExperiment,生存、工具、跑龙套XML,xtable、方法、org.Hs.eg.db
链接	Rcpp
建议	testthat,knitr平行,devtools,rmarkdown,gplots,covr,车,rstudioapi,拼写
SystemRequirements
增强了
URL	https://nuno-agostinho.github.io/psichomics/
BugReports	https://github.com/nuno-agostinho/psichomics/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	psichomics_1.12.1.tar.gz
Windows二进制	psichomics_1.12.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	psichomics_1.12.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/psichomics
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ psichomics
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/psichomics/
包下载报告	下载数据