profileplyr

DOI:10.18129 / B9.bioc.profileplyr

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅profileplyr。

读取信号的可视化和注释与profileplyr在基因组范围

Bioconductor版本:3.10

快速和简单的读取信号的可视化生成假设从测序的基因组的间隔是关键的数据集(例如ChIP-seq, ATAC-seq,亚硫酸氢/ methyl-seq)。许多工具内外的R和Bioconductor探索这些类型的数据是可用的,并且他们通常与权贵或BAM文件开始和结束的一些表示信号(例如热图)。profileplyr利用许多Bioconductor工具允许灵活性和附加功能与可视化的工作流,读取信号。

作者:汤姆·卡罗尔和道格·巴罗斯

维护人员:汤姆卡罗尔< tc.infomatics gmail.com >,道格·巴罗斯<道格。巴罗斯gmail.com >

安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“profileplyr”)

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HTML	R脚本	读取信号的可视化和注释与profileplyr在基因组范围
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细节

biocViews	ChIPSeq,ChipOnChip,报道,DataImport,测序,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(1年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.6),BiocGenerics,SummarizedExperiment
进口	GenomicRanges统计数据,soGGi、方法、跑龙套S4Vectors,R.utils,dplyr,magrittr,tidyr,IRanges,rjson,ChIPseeker,GenomicFeatures,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,rGREAT,pheatmap,EnrichedHeatmap,ComplexHeatmap、网格circlize,BiocParallel,rtracklayer,GenomeInfoDb
链接
建议	BiocStyle,testthat,knitr,rmarkdown,png,Rsamtools,ggplot2
SystemRequirements
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包档案

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源包	profileplyr_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	profileplyr_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	profileplyr_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/profileplyr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ profileplyr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/profileplyr/
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