预测

doi:10.18129/b9.bioc.predictionet

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅预测

针对(但不限于)基因组数据设计的预测网络的推断

生物导体版本:3.10

该软件包包含一组与网络推理相关的功能,结合了基因组数据和从生物医学文献和结构化生物数据库中提取的先验信息。主要功能能够使用基于贝叶斯或基于回归的推理方法生成网络。尽管前者仅限于<100变量,但后者可能会推断出具有数百个变量的网络。为了帮助用户专注于高质量的子网络,已经实现了边缘和节点级别的几个统计数据(边缘稳定性,每个节点的预测能力,...)。最终,该软件包用于由Dana-Farber癌症研究所与Entagen合作开发的“预测网络”的Web应用程序。

作者:本杰明·海布·卡因斯(Benjamin Haibe-kains),凯瑟琳娜·奥尔森(Catharina Olsen),吉安卢卡·本蒂姆(Gianluca Bontempi)

维护者:Benjamin Haibe-kains ,Catharina Olsen >>

引用(从r内,输入引用(“预测”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ predictional”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“预测”)

PDF R脚本 预测
PDF 参考手册
文本 读书我

细节

生物浏览 GraphandNetwork,,,,网络引导,,,,软件
版本 1.32.0
在生物导体中 Bioc 2.9(R-2.14)(8。5年)
执照 艺术2.0
要看 Igraph,,,,catnet
进口 受到惩罚,,,,rbgl,,,,大量的
链接
建议 网络,,,,模丝,,,,尼特
系统要求
增强
URL http://compbio.dfci.harvard.eduhttp://www.ulb.ac.be/di/mlg
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 predictionet_1.32.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(El Capitan) predictionet_1.32.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/predictionet
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/predictionet
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/predictionet/
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