prebs

DOI:10.18129 / B9.bioc.prebs

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见prebs

用于改进微阵列可比性的RNA-seq数据的探针区域表达估计

Bioconductor版本:3.10

prebs包旨在使rna测序(RNA-seq)数据与微阵列数据更具可比性。利用改进的RMA算法总结了基于序列的探测区域表达式,从而实现了相似性。该管道以BAM格式的映射读取作为输入,并生成基因表达式或原始微阵列探针集表达式作为输出。

作者:Karolis Uziela和Antti Honkela

维护者:Karolis Uziela < Karolis。Uziela在sciilifelab .se>

引文(从R内,输入引用(“prebs”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("prebs")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“prebs”)

PDF R脚本 prebs用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GeneExpressionImmunoOncology微阵列预处理RNASeq测序软件
版本 1.26.0
在Bioconductor BioC 2.12 (R-3.0)(7年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 2.14.0),GenomicAlignmentsaffy
进口 并行,方法,统计,GenomicRanges(> = 1.13.3),IRangesBiobaseGenomeInfoDbS4Vectors
链接
建议 prebsdatahgu133plus2cdfhgu133plus2probe
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 prebs_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 prebs_1.26.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) prebs_1.26.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/prebs
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/prebs
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/prebs/
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