prebs

DOI:10.18129 / B9.bioc.prebs

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见prebs．

用于改进微阵列可比性的RNA-seq数据的探针区域表达估计

Bioconductor版本:3.10

prebs包旨在使rna测序(RNA-seq)数据与微阵列数据更具可比性。利用改进的RMA算法总结了基于序列的探测区域表达式，从而实现了相似性。该管道以BAM格式的映射读取作为输入，并生成基因表达式或原始微阵列探针集表达式作为输出。

作者:Karolis Uziela和Antti Honkela

维护者:Karolis Uziela < Karolis。Uziela在sciilifelab .se>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("prebs")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“prebs”)

PDF	R脚本	prebs用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，ImmunoOncology，微阵列，预处理，RNASeq，测序，软件
版本	1.26.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.14.0)，GenomicAlignments，affy，战
进口	并行，方法，统计，GenomicRanges(> = 1.13.3),IRanges，Biobase，GenomeInfoDb，S4Vectors
链接
建议	prebsdata，hgu133plus2cdf，hgu133plus2probe
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	prebs_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	prebs_1.26.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	prebs_1.26.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/prebs
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/prebs
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/prebs/
软件包下载报告	下载数据