婴儿车

doi：10.18129/b9.bioc.pram

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅婴儿车。

汇总用于组装成绩单模型的RNA-Seq数据集

生物导体版本：3.10

公开可用的RNA-seq数据通常用于回顾性分析，以阐明新的生物学。大量RNA-seq数据集的新成绩单发现已成为这样的分析之一。为了从RNA-Seq数据集的大量集合中提高成绩单发现的功能，我们开发了一个名为Pooling RNA-Seq和组装模型（PRAM）的新的R软件包，该软件包从合并的RNA-Seq数据集中构建了基因间区域的转录本模型。该软件包包括用于定义基因间区域，提取和汇总相关的RNA-seq比对，预测，选择和评估转录本模型的功能。

作者：Peng Liu [AUT，CRE]，Colin N. Dewey [AUT]，SündüzKeleş[aut]

维护者：peng liu

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ pram”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ PRAM”）

PDF	R脚本	汇总RNA-seq和组装模型
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，技术
版本	1.2.0
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（1年）
执照	GPL（> = 3）
要看	R（> = 3.6）
进口	方法，生物比较，工具，utils，Data.Table（> = 1.11.8），基因组签名（> = 1.16.0），rtracklayer（> = 1.40.6），生物基因（> = 0.26.0），GenomeInfodB（> = 1.16.0），基因组机（> = 1.32.0），iranges（> = 2.14.12），rsamtools（> = 1.32.3），S4VECTORS（> = 0.18.3）
链接
建议	测试，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	https://github.com/pliu55/pram
BugReports	https://github.com/pliu55/pram/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	pram_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	pram_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	pram_1.2.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pram
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/婴儿车
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/pram/
软件包下载报告	下载统计