PQSFINDER

doi：10.18129/b9.bioc.pqsfinder

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅PQSFINDER。

识别潜在四链体形成序列

生物导体版本：3.10

PQSFINDER检测可能折叠成分子内G-四链体（G4）的DNA和RNA序列模式。与许多其他方法不同，PQSFinder能够检测到包含凸起或不匹配或具有长循环的G4的G4折叠的G4。PQSFinder还为G4测序数据上拟合的每个点击分配了整数得分，并对应于折叠G4的预期稳定性。

作者：Jiri Hon，Dominika Labudova，Matej Lexa和Tomas Martinek

维护者：jiri hon

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ pqsfinder”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ PQSFinder”）

html	R脚本	PQSFinder：用户指南
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	结肠管制，，，，主题，，，，测序，，，，软件
版本	2.2.0
在生物导体中	Bioc 3.3（R-3.3）（4年）
执照	bsd_2_clause +文件执照
要看	生物弦
进口	RCPP（> = 0.12.3），基因组机，，，，iranges，，，，S4VECTORS， 方法
链接	RCPP，，，，BH（> = 1.69.0）
建议	生物使用，，，，尼特，，，，GVIZ，，，，rtracklayer，，，，GGPLOT2，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，，，，测试，，，，Stringr，，，，Stringi
系统要求	GNU MAKE，C ++ 11
增强
URL	https://pqsfinder.fi.muni.cz
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	pqsfinder_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	pqsfinder_2.2.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	pqsfinder_2.2.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pqsfinder
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/pqsfinder
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/pqsfinder/
软件包下载报告	下载统计