phyloseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.phyloseq

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见phyloseq

处理和分析高通量微生物种群普查数据

Bioconductor版本:3.10

Phyloseq提供了一组类和工具来促进微生物组普查数据的导入、存储、分析和图形化显示。

作者:Paul J. McMurdie , Susan Holmes < Susan at stat.stanford.edu>,由Gregory Jordan和Scott Chamberlain贡献

维护者:Paul J. McMurdie

引文(从R内,输入引用(“phyloseq”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“phyloseq”)

超文本标记语言 R脚本 分析装饰图案
超文本标记语言 R脚本 phyloseq和DESeq2对结直肠癌数据的影响
超文本标记语言 R脚本 Phyloseq基础插图
超文本标记语言 R脚本 phyloseq常见问题(FAQ)
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 分类聚类GeneticVariabilityImmunoOncology宏基因组微生物组MultipleComparison测序软件
版本 1.30.0
在Bioconductor BioC 2.10 (R-2.15)(8年)
许可证 AGPL-3
取决于 R (>= 3.3.0)
进口 ade4(> = 1.7.4),(> = 5.0),Biobase(> = 2.36.2),BiocGenerics(> = 0.22.0),biomformat(> = 1.0.0),Biostrings(> = 2.40.0),集群(> = 2.0.4),data.table(> = 1.10.4),foreach(> = 3),ggplot2(> =魅惑,igraph(>= 1.0.1),方法(>= 3.3.0),(> = 2.28.0),plyr(> = 1.8.3),reshape2(> = 1.4.1),尺度(> = 0.4.0),素食主义者(> = 2.5)
链接
建议 BiocStyle(> = 2.4),DESeq2(> = 1.16.1),genefilter(> = 1.58),knitr(> = 1.16),magrittr(> = 1.5),metagenomeSeq(> = 1.14),rmarkdown(> = 1.6),testthat(> = 1.0.2中)
SystemRequirements
增强了 doParallel(> = 1.0.10)
URL http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0061217
BugReports https://github.com/joey711/phyloseq/issues
全靠我 微生物组SIAMCAT
进口我 gramm4RHMP2DatametavizrPathoStat完美的RCM
建议我 curatedMetagenomicDatadecontamHMP16SDatametagenomeFeaturesMMUPHinphilr
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 phyloseq_1.30.0.tar.gz
Windows二进制 phyloseq_1.30.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) phyloseq_1.30.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/phyloseq
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/phyloseq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/phyloseq/
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