pcaMethods

DOI:10.18129 / B9.bioc.pcaMethods

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见pcaMethods

PCA方法的集合

Bioconductor版本:3.10

提供贝叶斯PCA,概率PCA, Nipals PCA,逆非线性PCA和传统的SVD PCA。其中包括基于聚类的缺失值估计方法,以供比较。BPCA, PPCA和NipalsPCA可用于对不完整数据进行PCA,以及准确的缺失值估计。还提供了一套打印和绘制结果的方法。所有的PCA方法都使用相同的数据结构(pcaRes)来为PCA结果提供一个公共接口。由德国戈姆的马克斯-普朗克分子植物生理学研究所发起。

作者:Wolfram Stacklies, Henning Redestig, Kevin Wright

维护者:Henning Redestig < Henning。红色在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“pcaMethods”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("pcaMethods")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“pcaMethods”)

PDF R脚本 带有异常值的数据
PDF R脚本 简介
PDF R脚本 缺失价值估算
PDF 参考手册

细节

biocViews 贝叶斯软件
版本 1.78.0
在Bioconductor BioC 1.9 (R-2.4)(13.5年)
许可证 GPL (>= 3)
取决于 Biobase、方法
进口 BiocGenericsRcpp(> = 0.11.3),质量
链接 Rcpp
建议 matrixStats晶格ggplot2
SystemRequirements Rcpp
增强了
URL https://github.com/hredestig/pcamethods
BugReports https://github.com/hredestig/pcamethods/issues
全靠我 DeconRNASeq
进口我 CompGOconsensusDEDAPAR命运MSnbase先驱者PanVizGeneratorscdeSomaticSignatures
建议我 mtbls2
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 pcaMethods_1.78.0.tar.gz
Windows二进制 pcaMethods_1.78.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) pcaMethods_1.78.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pcaMethods
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pcaMethods
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/pcaMethods/
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