paxtoolsr

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅paxtoolsr。

通过BioPAX PaxtoolsR:从多个数据库访问路径,路径

Bioconductor版本:3.10

R的包提供了一组功能与使用Paxtools BioPAX OWL文件进行交互和查询路径共享(PC)分子间相互作用数据库计算生物学中心主办的纪念斯隆-凯特琳癌症中心(MSKCC)。途径共享数据库包括:绑定,BioGRID乔鲁姆,仪,探底,DrugBank, HPRD, HumanCyc,完好无损,KEGG, MirTarBase,豹,PhosphoSitePlus, Reactome,侦察,TRANSFAC。

作者:奥古斯汀卢娜

维修工:奥古斯汀Luna < lunaa cbio.mskcc.org >

从内部引用(R,回车引用(“paxtoolsr”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“paxtoolsr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“paxtoolsr”)

HTML	R脚本	使用PaxtoolsR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,KEGG,网络,NetworkEnrichment,通路,Reactome,软件,SystemsBiology
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(5.5年)
许可证	LGPL-3