pathview

DOI:10.18129 / B9.bioc.pathview

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见pathview．

用于基于路径的数据集成和可视化的工具集

Bioconductor版本:3.10

Pathview是一个基于路径的数据集成和可视化工具集。它在相关的通路图上绘制和渲染各种各样的生物数据。所有用户需要的是提供他们的数据并指定目标路径。Pathview自动下载路径图数据，解析数据文件，将用户数据映射到路径，并使用映射的数据渲染路径图。此外，Pathview还与路径和基因集(富集)分析工具无缝集成，用于大规模和全自动分析。

作者:Weijun罗

维护者:Weijun Luo < Luo _weijun at yahoo.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("pathview")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“pathview”)

PDF	R脚本	路径视图:基于路径的数据集成和可视化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，GraphAndNetwork，代谢组学，微阵列，通路，蛋白质组学，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology，可视化
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (R-3.0)(7年)
许可证	GPL (> = 3.0)
取决于	R (> = 2.10),org.Hs.eg.db
进口	KEGGgraph，XML，Rgraphviz，图，png，AnnotationDbi，KEGGREST、方法、跑龙套
链接
建议	计，org.Mm.eg.db，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL	https://pathview.uncc.edu/
取决于我	BioNetStat，EGSEA，RNASeqR，SBGNview
进口我	CompGO，debrowser，EnrichmentBrowser，GDCRNATools，KnowSeq，MAGeCKFlute，TCGAbiolinksGUI，TCGAWorkflow
建议我	CAGEWorkflow，计，gageData，π，TCGAbiolinks
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	pathview_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	pathview_1.26.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	pathview_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pathview
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pathview
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pathview/
包下载报告	下载数据