oncomix

DOI:10.18129 / B9.bioc.oncomix

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见oncomix．

从肿瘤正常mRNA表达数据中识别肿瘤亚群中过表达基因

Bioconductor版本:3.10

该软件包有助于识别肿瘤子集中相对于正常组织中过表达的mrna。理想的输入是来自许多患者相同组织的肿瘤-正常数据配对(>15对)。这种无监督的方法依赖于观察到的致癌基因只在人群中的一个肿瘤子集中具有特征性的过表达，并可能纯粹基于之前未知亚型之间mRNA表达的差异来帮助识别致癌基因候选基因。

作者:丹尼尔·皮克，约翰·格雷利，杰西卡·玛

维护者:丹尼尔·皮克<丹尼尔。皮克在med.einstein.yu.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“oncomix”)

超文本标记语言	R脚本	OncoMix装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，测序，软件
版本	1.8.0
在Bioconductor公司	BioC 3.6 (R-3.4)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	ggplot2，ggrepel，RColorBrewer，mclust统计数据,SummarizedExperiment
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，RMySQL
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	oncomix_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	oncomix_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	oncomix_1.8.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oncomix
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/oncomix
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/oncomix/
软件包下载报告	下载数据