此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见omicRexposome.
Bioconductor版本:3.10
omicRexposome将暴露数据与组组数据之间的关联评估系统化,利用MultiDataSet进行数据协调管理,利用rexposome进行暴露数据定义,利用limma进行关联测试。还可以使用多共固有分析(omicade4)和多典型相关分析(PMA)进行数据集成,混合暴露数据和组学数据。
作者:Carles Hernandez-Ferrer [aut, cre], Juan R. González [aut]
维护者:Carles Hernandez-Ferrer < Carles。埃尔南德斯在isglobal.org >
引用(从R中,输入引用(“omicRexposome”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE))
对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:
browseVignettes(“omicRexposome”)
超文本标记语言 | R脚本 | 与Omic数据的expsome数据集成 |
参考手册 | ||
文本 | 许可证 |
biocViews | DifferentialExpression,DifferentialMethylation,表观遗传学,GeneExpression,GeneRegulation,ImmunoOncology,MultipleComparison,蛋白质组学,回归,软件,StatisticalMethod,转录组,可视化,WorkflowStep |
版本 | 1.8.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.6 (R-3.4)(2.5年) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | R (> = 3.4),Biobase |
进口 | 统计,utils, grDevices,图形,方法,rexposome,limma,股东价值分析,ggplot2,ggrepel,PMA,omicade4,gridExtra,MultiDataSet,SmartSVA,isva平行,SummarizedExperiment,stringr |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,snpStats,brgedata |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
源包 | omicRexposome_1.8.0.tar.gz |
Windows二进制 | omicRexposome_1.8.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | omicRexposome_1.8.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/omicRexposome |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ omicRexposome |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/omicRexposome/ |
包下载报告 | 下载数据 |