益生元

DOI:10.18129 / B9.bioc.oligo

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅益生元

预处理工具寡核苷酸阵列

Bioconductor版本:3.10

一个包分析寡核苷酸阵列(表达式/ SNP /瓷砖/外显子)probe-level。它目前支持Affymetrix(玻璃纸文件)和罗氏数组(xy文件)。

作者:Benilton卡瓦略和拉斐尔·伊

维护人员:Benilton卡瓦略< Benilton在unicamp.br >

从内部引用(R,回车引用(“益生元”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“益生元”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“益生元”)

PDF 益生元用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImport,DifferentialExpression,ExonArray,GeneExpression,微阵列,OneChannel,预处理,单核苷酸多态性,软件,TwoChannel
版本 1.50.0
Bioconductor自 BioC 2.0 (r - 2.5)(13岁)
许可证 LGPL (> = 2)
取决于 R (> = 3.2.0),BiocGenerics(> = 0.13.11),oligoClasses(> = 1.29.6),Biobase(> = 2.27.3),Biostrings(> = 2.35.12)
进口 affyio(> = 1.35.0),affxparser(> = 1.39.4),DBI(> = 0.3.1),ff、图形的方法,preprocessCore(> = 1.29.0),RSQLite(> = 1.0.0),样条函数、统计stats4,跑龙套,zlibbioc
链接 preprocessCore
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18,hapmap100kxba,pd.hg.u95av2,pd.mapping50k.xba240,pd.huex.1.0.st.v2,pd.hg18.60mer.expr,pd.hugene.1.0.st.v1,maqcExpression4plex,genefilter,limma,RColorBrewer,oligoData,BiocStyle,knitr,RUnit,biomaRt,AnnotationDbi,GenomeGraphs,RCurl,ACME,biomaRt,AnnotationDbi,GenomeGraphs,RCurl
SystemRequirements
增强了 ff,doMC,doMPI
URL
取决于我 斜体,maEndToEnd,oligoData,pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1,pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoter,pd.2006.07.18.mm8.refseq.promoter,pd.2006.10.31.rn34.refseq.promoter,pd.ag,pd.aragene.1.0.st,pd.aragene.1.1.st,pd.atdschip.tiling,pd.ath1.121501,pd.barley1,pd.bovgene.1.0.st,pd.bovgene.1.1.st,pd.bovine,pd.bsubtilis,pd.cangene.1.0.st,pd.cangene.1.1.st,pd.canine,pd.canine.2,pd.celegans,pd.charm.hg18.example,pd.chicken,pd.chigene.1.0.st,pd.chigene.1.1.st,pd.chogene.2.0.st,pd.chogene.2.1.st,pd.citrus,pd.clariom.d.human,pd.clariom.s.human,pd.clariom.s.human.ht,pd.clariom.s.mouse,pd.clariom.s.mouse.ht,pd.clariom.s.rat,pd.clariom.s.rat.ht,pd.cotton,pd.cyngene.1.0.st,pd.cyngene.1.1.st,pd.cyrgene.1.0.st,pd.cyrgene.1.1.st,pd.cytogenetics.array,pd.drogene.1.0.st,pd.drogene.1.1.st,pd.drosgenome1,pd.drosophila.2,pd.e.coli.2,pd.ecoli,pd.ecoli.asv2,pd.elegene.1.0.st,pd.elegene.1.1.st,pd.equgene.1.0.st,pd.equgene.1.1.st,pd.feinberg.hg18.me.hx1,pd.feinberg.mm8.me.hx1,pd.felgene.1.0.st,pd.felgene.1.1.st,pd.fingene.1.0.st,pd.fingene.1.1.st,pd.genomewidesnp.5,pd.genomewidesnp.6,pd.guigene.1.0.st,pd.guigene.1.1.st,pd.hc.g110,pd.hg.focus,pd.hg.u133.plus.2,pd.hg.u133a,pd.hg.u133a.2,pd.hg.u133a.tag,pd.hg.u133b,pd.hg.u219,pd.hg.u95a,pd.hg.u95av2,pd.hg.u95b,pd.hg.u95c,pd.hg.u95d,pd.hg.u95e,pd.hg18.60mer.expr,pd.ht.hg.u133.plus.pm,pd.ht.hg.u133a,pd.ht.mg.430a,pd.hta.2.0,pd.hu6800,pd.huex.1.0.st.v2,pd.hugene.1.0.st.v1,pd.hugene.1.1.st.v1,pd.hugene.2.0.st,pd.hugene.2.1.st,pd.maize,pd.mapping250k.nsp,pd.mapping250k.sty,pd.mapping50k.hind240,pd.mapping50k.xba240,pd.margene.1.0.st,pd.margene.1.1.st,pd.medgene.1.0.st,pd.medgene.1.1.st,pd.medicago,pd.mg.u74a,pd.mg.u74av2,pd.mg.u74b,pd.mg.u74bv2,pd.mg.u74c,pd.mg.u74cv2,pd.mirna.1.0,pd.mirna.2.0,pd.mirna.3.0,pd.mirna.3.1,pd.mirna.4.0,pd.moe430a,pd.moe430b,pd.moex.1.0.st.v1,pd.mogene.1.0.st.v1,pd.mogene.1.1.st.v1,pd.mogene.2.0.st,pd.mogene.2.1.st,pd.mouse430.2,pd.mouse430a.2,pd.mta.1.0,pd.mu11ksuba,pd.mu11ksubb,pd.nugo.hs1a520180,pd.nugo.mm1a520177,pd.ovigene.1.0.st,pd.ovigene.1.1.st,pd.pae.g1a,pd.plasmodium.anopheles,pd.poplar,pd.porcine,pd.porgene.1.0.st,pd.porgene.1.1.st,pd.rabgene.1.0.st,pd.rabgene.1.1.st,pd.rae230a,pd.rae230b,pd.raex.1.0.st.v1,pd.ragene.1.0.st.v1,pd.ragene.1.1.st.v1,pd.ragene.2.0.st,pd.ragene.2.1.st,pd.rat230.2,pd.rcngene.1.0.st,pd.rcngene.1.1.st,pd.rg.u34a,pd.rg.u34b,pd.rg.u34c,pd.rhegene.1.0.st,pd.rhegene.1.1.st,pd.rhesus,pd.rice,pd.rjpgene.1.0.st,pd.rjpgene.1.1.st,pd.rn.u34,pd.rta.1.0,pd.rusgene.1.0.st,pd.rusgene.1.1.st,pd.s.aureus,pd.soybean,pd.soygene.1.0.st,pd.soygene.1.1.st,pd.sugar.cane,pd.tomato,pd.u133.x3p,pd.vitis.vinifera,pd.wheat,pd.x.laevis.2,pd.x.tropicalis,pd.xenopus.laevis,pd.yeast.2,pd.yg.s98,pd.zebgene.1.0.st,pd.zebgene.1.1.st,pd.zebrafish,pdInfoBuilder,彪马,pumadata,SCAN.UPC,waveTiling
进口我 ArrayExpress,cn.farms,crossmeta,frma,斜体,mimager
建议我 BiocGenerics,fastseg,frmaTools,hapmap100khind,hapmap100kxba,hapmap500knsp,hapmap500ksty,hapmapsnp5,hapmapsnp6,maqcExpression4plex
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 oligo_1.50.0.tar.gz
Windows二进制 oligo_1.50.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) oligo_1.50.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oligo
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/低聚糖
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/oligo/
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