nucleoSim

DOI:10.18129 / B9.bioc.nucleoSim

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅nucleoSim。

地图生成合成核小体

Bioconductor版本:3.10

这个包可以生成一个覆盖核小体的合成与读取地图区域以及一个合成的地图与正向和反向读取模拟下一代测序。用户选择阅读的三种不同分布定位:正常,学生和制服。

作者:Rawane Samb (aut),阿斯特丽德Deschenes (cre, aut],帕斯卡Belleau (aut) Arnaud所有权(aut)

维护人员:阿斯特丽德Deschenes < adeschen hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“nucleoSim”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“nucleoSim”)

HTML	R脚本	地图生成合成核小体
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,遗传学,测序,软件,StatisticalMethod
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	统计数据,IRanges,S4Vectors、图形的方法
链接
建议	BiocStyle,BiocGenerics,knitr,rmarkdown,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/arnauddroitlab/nucleoSim
BugReports	https://github.com/arnauddroitlab/nucleoSim/issues
取决于我
进口我
建议我	RJMCMCNucleosomes
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	nucleoSim_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	nucleoSim_1.14.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	nucleoSim_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nucleoSim
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ nucleoSim
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/nucleoSim/
包下载报告	下载数据