nuCpos

DOI:10.18129 / B9.bioc.nuCpos

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅nuCpos。

预测的R包核小体的位置

Bioconductor版本:3.10

nuCpos NuPoP的衍生物,是预测的R包核小体的位置。隐马尔可夫模型在nuCpos,持续时间是训练有素的核小体的化学地图从出芽酵母,裂殖酵母或老鼠胚胎干细胞。nuCpos输出维特比(最可能的)道路nucleosome-linker状态,预测核小体入住率分数和组蛋白亲和力(HBA)分数NuPoP一样。nuCpos也可以计算局部和整体nucleosomal HBA分数147 -英国石油(bp)对于一个给定的序列。此外,基因改变对核小体的影响入住率可以预测这个包中。父母包NuPoP,这是基于一个MNase-seq-based地图出芽酵母核小体,是由王中正金立群Xi, GPL-2授权许可。

作者:总裁中西宏明加藤,武铀源

维护人员:总裁中西宏明加藤< hkato在med.shimane-u.ac.jp >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“nuCpos”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“nuCpos”)

PDF	R脚本	R包核小体定位的预测
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	表观遗传学,遗传学,HiddenMarkovModel,ImmunoOncology,NucleosomePositioning,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(1.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5.1)
进口	图形、方法
链接
建议	NuPoP,Biostrings,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	nuCpos_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	nuCpos_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	nuCpos_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nuCpos
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ nuCpos
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/nuCpos/
包下载报告	下载数据