npGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.npGSEA

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见npGSEA

基因集富集分析的排列近似方法(非排列GSEA)

Bioconductor版本:3.10

目前的基因集富集方法依赖于排列进行推理。这些方法在计算上是昂贵的,并且具有基于排列数量的最小可实现p值,而不是基于实际观察到的统计数据。我们推导了两个基因集富集试验统计量的排列分布的三个参数近似。用我们的方法,我们能够减少排列测试的计算负担和粒度问题,这是在这个包中实现的。npGSEA计算基因集富集统计量和p值,而不需要排列的计算成本。它适用于对一个或多个基因集感兴趣的环境。还有内置的绘图功能来帮助用户可视化结果。

作者:杰西卡·拉森和阿特·欧文

维护者:杰西卡·拉森<拉森。杰西在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“npGSEA”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("npGSEA")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“npGSEA”)

PDF R脚本 使用“npGSEA”软件包进行基因集富集分析
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GeneSetEnrichment微阵列通路软件StatisticalMethod
版本 1.22.0
在Bioconductor BioC 2.14 (R-3.1)(6年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 GSEABase(> = 1.24.0)
进口 Biobase、方法、BiocGenerics、图形、统计
链接
建议 所有genefilterlimmahgu95av2.dbReportingToolsBiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 npGSEA_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 npGSEA_1.22.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) npGSEA_1.22.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/npGSEA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/npGSEA
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/npGSEA/
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