normr

DOI:10.18129 / B9.bioc.normr

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见normr．

ChIP-seq数据中的归一化和差分调用

Bioconductor版本:3.10

ChIP-seq和类似数据的健壮的归一化和差分调用程序。读取计数被联合建模为具有用户指定数量的组件的二项混合模型。拟合的背景估计说明了某些区域富集的影响，因此代表了一个适当的原假设。这种稳健的背景被用来识别显著丰富或贫乏的区域。

作者:Johannes Helmuth [aut, cre]， Ho-Ryun Chung [aut]

维护者:Johannes Helmuth < Johannes。Helmuth在laborberlin.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("normr")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“normr”)

超文本标记语言	R脚本	介绍normR包
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文本		新闻

细节

biocViews	对齐，贝叶斯，ChIPSeq，分类，DataImport，DifferentialPeakCalling，FunctionalGenomics，遗传学，MultipleComparison，归一化，PeakDetection，预处理，RIPSeq，软件
版本	1.12.0
在Bioconductor公司	BioC 3.4 (R-3.3)(3.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.3.0)
进口	方法，统计，utils, grDevices，并行，GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges，Rcpp(> = 0.11),qvalue(> = 2.2),bamsignals(> = 1.4),rtracklayer(> = 1.32)
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，testthat(> = 1.0),knitr，rmarkdown
SystemRequirements	c++ 11
增强了	BiocParallel
URL	https://github.com/your-highness/normR
BugReports	https://github.com/your-highness/normR/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	normr_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	normr_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	normr_1.12.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/normr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/normr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/normr/
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