nem

DOI:10.18129 / B9.bioc.nem

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见nem．

(动态)嵌套效应模型和确定性效应传播网络重建表型层次结构

Bioconductor版本:3.10

包'nem'允许从扰动效应的嵌套结构中重建路径的特征。它将(1.)一组被扰动的通路成分作为输入，(2.)这些扰动的表型读数(例如基因表达、蛋白质表达)。输出是代表表型层次结构的有向图。

作者:Holger Froehlich, Florian Markowetz, Achim Tresch, Theresa Niederberger, Christian Bender, Matthias Maneck, Claudio Lottaz, Tim Beissbarth

维护者:Holger Froehlich

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("nem")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes (nem)

PDF		markowetz -论文- 2006. - pdf
PDF	R脚本	嵌套效应模型——果蝇免疫反应的一个例子
PDF		参考手册

细节

biocViews	生物信息学，GraphsAndNetworks，微阵列，NetworkInference，通路，软件，SystemsBiology
版本	2.60.0
在Bioconductor	BioC 1.9 (R-2.4)(13.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.0)
进口	引导，e1071，图，图形，grDevices，方法，RBGL(> = 1.8.1),RColorBrewer，统计，utils，Rgraphviz，statmod，plotrix，limma
链接
建议	Biobase(> = 1.10)
SystemRequirements
增强了	doMC，雪、并行
URL	//www.anjoumacpherson.com
全靠我	lpNet
进口我	birte，epiNEM，mnem，OncoSimulR
建议我	rBiopaxParser
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	nem_2.60.0.tar.gz
Windows二进制	nem_2.60.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	nem_2.60.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nem
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/nem
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/nem/
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