马斯喀特

DOI:10.18129 / B9.bioc.muscat

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅马斯喀特。

多试样多群scRNA-seq数据分析工具

Bioconductor版本:3.10

“马斯喀特”提供了各种方法在多试样DS分析和可视化工具,多群,多(细胞)分组人口scRNA-seq数据,包括具有混合模型和方法基于聚合“pseudobulk”数据,以及灵活的仿真平台,模拟单一和多试样scRNA-seq数据。

作者:海伦娜·l·Crowell (aut (cre),夏洛特Soneson (aut) Pierre-Luc日尔曼(aut),马克·d·罗宾逊(aut(曾经)

维护人员:海伦娜·l·Crowell <海伦娜。在uzh.ch crowell >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“马斯喀特”)

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文档

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HTML	R脚本	无标题的
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression,测序,SingleCell,软件,StatisticalMethod,可视化
版本	1.0.1
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(< 6个月)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.6),嘘(> = 1.13)
进口	BiocParallel,blme,ComplexHeatmap,data.table,DESeq2,doParallel,dplyr,刨边机,ggplot2,glmmTMB、grDevices、网格limma,lmerTest,lme4,magrittr,矩阵,matrixStats、方法、并行进步,purrr,reshape2,尺度,sctransform统计数据,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,S4Vectors,宠物猫,variancePartition,冬青
链接
建议	BiocStyle,cowplot,ExperimentHub,knitr,RColorBrewer,rmarkdown,testthat,UpSetR
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

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源包	muscat_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	muscat_1.0.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	muscat_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/muscat
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/马斯喀特
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/muscat/
包下载报告	下载数据