多希克科姆

doi：10.18129/b9.bioc.multihiccompare

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅多希克科姆。

当每个实验条件的复制可用时，HI-C数据集之间的差异和检测

生物导体版本：3.10

MultihicCompare提供了多个HI-C数据集中关节归一化和差异检测的功能。现在，原始Hiccompare软件包的扩展可以进行HI-C实验，每组超过2组和多个样本。MultihicCompare以稀疏上部三角矩阵的形式在处理后的HI-C数据上运行。它接受四列（染色体，区域1，region2，if）Tab分离的文本文件存储染色质相互作用矩阵。MultihicCompare提供了循环黄土和快速黄土（FastLO）方法，该方法适用于共同标准化HI-C数据。此外，它提供了一个通用线性模型（GLM）框架，以适应EDGER软件包以以距离依赖性方式检测HI-C数据的差异。

作者：John Stansfield [AUT，CRE]，Mikhail Dozmorov [aut]

维护者：John Stansfield

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ MultihicCompare”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ MultihicCompare”）

html	R脚本	MultihicCompare Vignette
html	R脚本	在果汁箱中可视化结果
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	嗝，，，，正常化，，，，测序，，，，软件
版本	1.4.0
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（1。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 3.5.0）
进口	Data.Table，，，，dplyr，，，，Hiccompare，，，，EDGER，，，，生物比较，，，，QQMAN，，，，pheatmap， 方法，代码，，，，基因组机，图形，统计，utils，pbapply，，，，GenomeInfodBdata，，，，blma，，，，GenomeInfodB
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，生物使用
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我	Hiccompare
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Multihiccompare_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	MultihicCompare_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	Multihiccompare_1.4.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multihiccompare
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/multihiccompare
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/multihiccompare/
软件包下载报告	下载统计