多希克科姆

doi:10.18129/b9.bioc.multihiccompare

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅多希克科姆

当每个实验条件的复制可用时,HI-C数据集之间的差异和检测

生物导体版本:3.10

MultihicCompare提供了多个HI-C数据集中关节归一化和差异检测的功能。现在,原始Hiccompare软件包的扩展可以进行HI-C实验,每组超过2组和多个样本。MultihicCompare以稀疏上部三角矩阵的形式在处理后的HI-C数据上运行。它接受四列(染色体,区域1,region2,if)Tab分离的文本文件存储染色质相互作用矩阵。MultihicCompare提供了循环黄土和快速黄土(FastLO)方法,该方法适用于共同标准化HI-C数据。此外,它提供了一个通用线性模型(GLM)框架,以适应EDGER软件包以以距离依赖性方式检测HI-C数据的差异。

作者:John Stansfield [AUT,CRE],Mikhail Dozmorov [aut]

维护者:John Stansfield

引用(从r内,输入引用(“ MultihicCompare”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ MultihicCompare”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ MultihicCompare”)

html R脚本 MultihicCompare Vignette
html R脚本 在果汁箱中可视化结果
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 ,,,,正常化,,,,测序,,,,软件
版本 1.4.0
在生物导体中 Bioc 3.8(R-3.5)(1。5年)
执照 麻省理工学院 +文件执照
要看 R(> = 3.5.0)
进口 Data.Table,,,,dplyr,,,,Hiccompare,,,,EDGER,,,,生物比较,,,,QQMAN,,,,pheatmap, 方法,代码,,,,基因组机,图形,统计,utils,pbapply,,,,GenomeInfodBdata,,,,blma,,,,GenomeInfodB
链接
建议 尼特,,,,rmarkDown,,,,测试,,,,生物使用
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我 Hiccompare
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 Multihiccompare_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 MultihicCompare_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) Multihiccompare_1.4.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multihiccompare
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/multihiccompare
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/multihiccompare/
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