msmsTests

DOI:10.18129 / B9.bioc.msmsTests

这个包是版本3.10的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见msmsTests．

LC-MS/MS差异表达试验

Bioconductor版本:3.10

通过光谱计数对无标签LC-MS/MS数据进行统计测试，以发现两种生物条件下差异表达的蛋白质。有三种检验:泊松GLM回归、拟似然GLM回归和edgeR包的负二项检验。这三种模型承认阻塞因素来控制有害的变量。为了确保良好的可重复性，可以使用测试后过滤器，在那里我们可以设置最小的生物学相关效应大小，以及最丰富条件的最小表达。

作者:Josep Gregori, Alex Sanchez, Josep Villanueva

维护者:Josep Gregori Font < Josep。Gregori在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("msmsTests")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“msmsTests”)

PDF	R脚本	msmsTests:通过阻塞控制批处理效果
PDF	R脚本	msmsTests:后测试过滤器，以提高再现性
PDF		参考手册

细节

biocViews	ImmunoOncology，MassSpectrometry，蛋白质组学，软件
版本	1.24.0
在Bioconductor中	BioC 2.13 (R-3.0)(6.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.0.1)，MSnbase，msmsEDA
进口	刨边机，qvalue
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我	MSnID，RforProteomics
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	msmsTests_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	msmsTests_1.24.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	msmsTests_1.24.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/msmsTests
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/msmsTests
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/msmsTests/
软件包下载报告	下载数据