主题
doi：10.18129/b9.bioc.motifcounter
此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅主题。
R包装用于分析DNA序列的TFBS
生物导体版本：3.10
“主题”提供了基于位置频率矩阵的图案匹配，图案计数和图案富集功能。软件包的主要功能包括使用高阶背景模型的利用以及确定基序富集时自行重叠基匹配的匹配。背景模型允许与使用简单的GC背景模型相比，可以充分捕获充分的二核苷酸（或高阶核苷酸）组成，从而可以减少模型偏差和误导性结果。在基于基序匹配计数进行基序富集分析时，该软件包依赖于复合泊松分布或组合模型。这些分布解释了由重复样或腔膜基序举例说明的自我重叠基序结构，并允许确定一组观察到的基序匹配的p值和倍数增强。
作者：Wolfgang Kopp [AUT，CRE]
维护者：wolfgang kopp
引用（从r内，输入引用（“主题”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ motifcounter”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Motifcounter”）
| html | R脚本 | ``Motifcounter''包装简介 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 图案，，，，测序，，，，软件，，，，转录 |
| 版本 | 1.10.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.5（R-3.4）（3年） |
| 执照 | GPL-2 |
| 要看 | R（> = 3.0） |
| 进口 | 生物弦， 方法 |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，主题，，，，seqlogo，，，，Prettydoc |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | Motifcounter_1.10.0.tar.gz |
| Windows二进制 | Motifcounter_1.10.0.zip（32-和64位） |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | Motifcounter_1.10.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifcounter |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/图案 |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/motifcounter/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
