这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅motifStack。
Bioconductor版本:3.10
motifStack包是专为多个主题和不同的相似性得分的图形表示。它的工作原理与DNA / RNA序列基序和氨基酸序列基序。此外,它为用户提供了灵活的自定义图形参数,比如字体类型和颜色的象征。
作者:Jianhong Ou,苏格兰人迈克尔•布罗斯基沃尔夫和丽华朱莉朱
维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >
从内部引用(R,回车引用(“motifStack”)
):
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“motifStack”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“motifStack”)
HTML | R脚本 | motifStack装饰图案 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,ChIPSeq,ChIPchip,DataImport,微阵列,MotifAnnotation,SequenceMatching,测序,软件,可视化 |
版本 | 1.30.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.11 (r - 2.15)(7.5年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | R(> = 2.15.1)、方法grImport2、网格MotIV,ade4,Biostrings |
进口 | XML,尺度,htmlwidgets,统计grDevices stats4,图形,跑龙套,ggplot2 |
链接 | |
建议 | RUnit,BiocGenerics,MotifDb,RColorBrewer,BiocStyle,knitr,httr,htmltools |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | dagLogo,generegulation |
进口我 | ATACseqQC,atSNP,LowMACA,motifbreakR,TCGAWorkflow |
建议我 | ChIPpeakAnno,TFutils,universalmotif |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | motifStack_1.30.0.tar.gz |
Windows二进制 | motifStack_1.30.0.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | motifStack_1.30.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifStack |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ motifStack |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/motifStack/ |
包下载报告 | 下载数据 |