motifStack

DOI:10.18129 / B9.bioc.motifStack

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅motifStack。

情节堆叠标识为单个或多个DNA, RNA和氨基酸序列

Bioconductor版本:3.10

motifStack包是专为多个主题和不同的相似性得分的图形表示。它的工作原理与DNA / RNA序列基序和氨基酸序列基序。此外,它为用户提供了灵活的自定义图形参数,比如字体类型和颜色的象征。

作者:Jianhong Ou,苏格兰人迈克尔•布罗斯基沃尔夫和丽华朱莉朱

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“motifStack”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“motifStack”)

HTML	R脚本	motifStack装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,ChIPSeq,ChIPchip,DataImport,微阵列,MotifAnnotation,SequenceMatching,测序,软件,可视化
版本	1.30.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(7.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 2.15.1)、方法grImport2、网格MotIV,ade4,Biostrings
进口	XML,尺度,htmlwidgets,统计grDevices stats4,图形,跑龙套,ggplot2
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,MotifDb,RColorBrewer,BiocStyle,knitr,httr,htmltools
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	dagLogo,generegulation
进口我	ATACseqQC,atSNP,LowMACA,motifbreakR,TCGAWorkflow
建议我	ChIPpeakAnno,TFutils,universalmotif
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	motifStack_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	motifStack_1.30.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	motifStack_1.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifStack
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ motifStack
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/motifStack/
包下载报告	下载数据