mnem

DOI:10.18129 / B9.bioc.mnem

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见mnem．

混合嵌套效应模型

Bioconductor版本:3.10

混合嵌套效应模型(mnem)是嵌套效应模型的扩展，允许分析由Perturb-Seq (Dixit et al.， 2016)或Crop-Seq (Datlinger et al.， 2017)等方法提供的单细胞扰动数据。在这些实验中，许多细胞中的每一个都被一个特定基因的敲除所干扰，即几个细胞被基因a的敲除所干扰，几个细胞被基因B的敲除所干扰，……等等。观察到的读出必须是多性状的，在Perturb-/Crop-Seq基因的情况下是每个细胞的表达谱。Mnem使用混合模型同时将细胞群聚类为k个簇，并推断出k个网络将每个簇的扰动基因因果连接。通过期望最大化算法推导出混合分量。

作者:Martin Pirkl

维护者:Martin Pirkl < Martin。Pirkl在bsse.ethz.ch>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("mnem")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“mnem”)

PDF	R脚本	mnem
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq，CRISPR，DNASeq，GeneExpression，网络，NetworkInference，通路，PooledScreens，RNASeq，SingleCell，软件，SystemsBiology
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6)
进口	集群，nem，epiNEM，图，Rgraphviz，flexclust，晶格，naturalsort，降雪stats4,tsne，方法，图形，统计，utils，Linnorm，data.table，Rcpp，RcppEigen，matrixStats, grDevices
链接	Rcpp，RcppEigen
建议	knitr，devtools，rmarkdown，BiocGenerics，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	mnem_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	mnem_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	mnem_1.2.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mnem
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/mnem
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mnem/
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