混合学

doi：10.18129/b9.bioc.mixomics

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅混合学。

法学数据集成项目

生物导体版本：3.10

多变量方法非常适合大型OMIC数据集，其中变量（例如基因，蛋白质，代谢产物）的数量比样品数量（患者，细胞，小鼠）大得多。它们具有通过使用仪器变量（组件）来降低数据尺寸的吸引力，这些变量被定义为所有变量的组合。然后，这些组件用于产生有用的图形输出，以更好地理解集成的不同数据集之间的关系和相关结构。Mixomics提供了广泛的多元方法，用于探索和集成生物数据集，特别关注可变选择。该软件包提出了我们开发的几种稀疏多元模型，以识别高度相关的关键变量和/或解释感兴趣的生物学结果。可以用混合组学分析的数据可能来自高吞吐量测序技术，例如OMICS数据（转录组学，代谢组学，蛋白质组学，元基因组学等），但也超出了OMICS（例如光谱成像）。在混合学中实现的方法还可以处理缺失的值，而无需删除整个行中缺少数据的行。非详尽的方法包括广义规范相关分析的变体，稀疏的部分最小二乘和稀疏的判别分析。最近，我们实施了集成方法来结合多个数据集：N融合与广义规范相关分析的变体和p融合与多组部分最小二乘的变体。

作者：Kim-Anh Le Cao [AUT，CRE]，Florian Rohart [aut]，Ignacio Gonzalez [aut]，Sebastien Dejean [aut]，Al Abadi [CTB]，Benoit Gautier [CTB]，Francois Bartolo [CTB]，Pierre [CTB]，Pierre Pierre [CTB]Monget [CTB]，Jeff Coquery [CTB]，Fangzou Yao [CTB]，Benoit Liquet [CTB]

维护者：kim-anh le cao

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ Mixomics”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Mixomics”）

html	R脚本	混合学
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	分类，，，，遗传，，，，免疫学，，，，代谢组学，，，，宏基因组学，，，，微阵列，，，，多重组合，，，，蛋白质组学，，，，回归，，，，测序，，，，软件
版本	6.10.9
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（1。5年）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 3.5.0），大量的，，，，格子，，，，GGPLOT2
进口	Igraph，，，，椭圆，，，，公司，，，，rcolorbrewer， 平行，dplyr，，，，花花公子，，，，RESHAPE2， 方法，矩阵，，，，rarpack，，，，栅格，grdevices，图形，统计，utils
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，RGL
系统要求
增强
URL	http://www.mixomics.org
BugReports	https://github.com/mixomicsteam/mixomics/issues/
取决于我	carpartmap
进口我	Depecher
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Mixomics_6.10.9.tar.gz
Windows二进制	Mixomics_6.10.9.9.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	Mixomics_6.10.9.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mixomics
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/混合学
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/mixomics/
软件包下载报告	下载统计