Minfi

doi：10.18129/b9.bioc.minfi

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅Minfi。

分析Illumina Infinium DNA甲基化阵列

生物导体版本：3.10

分析和可视化Illumina Infinium甲基化阵列的工具。

作者：Kasper Daniel Hansen [Cre，Aut]，Martin Aryee [Aut]，Rafael A. Irizarry [Aut]，Andrew E. Jaffe [CTB]，Jovana Maksimovic [CTB]，E。AndresHouseman [CTB]，Jean-PhilippeFortin [CTB]，Tim Triche [CTB]，Shan V. Andrews [CTB]，Peter F. Hickey [CTB]

维护者：gmail.com上的Kasper Daniel Hansen

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ minfi”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Minfi”）

html	R脚本	MINFI用户指南
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DNAMETHYLATY，，，，DataImport，，，，差甲基化，，，，表观遗传学，，，，免疫学，，，，甲基化array，，，，微阵列，，，，多通道，，，，正常化，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，软件，，，，两通道
版本	1.32.0
在生物导体中	Bioc 2.9（R-2.14）（8。5年）
执照	艺术2.0
要看	方法，生物基因（> = 0.15.3），基因组机，，，，总结性特征（> = 1.1.6），生物弦，，，，Bumphunter（> = 1.1.9）
进口	S4VECTORS，，，，GenomeInfodB，，，，生物酶（> = 2.33.2），iranges，，，，beanplot，，，，rcolorbrewer，，，，格子，，，，NOR1MIX，，，，siggenes，，，，林玛，，，，预处理，，，，Illuminaio（> = 0.23.2），延迟的matrixstats（> = 1.3.4），mclust，，，，GeneFilter，，，，nlme，，，，重塑，，，，大量的，，，，Quadprog，，，，Data.Table，，，，地球，统计，grdevices，图形，utils，延迟（> = 0.9.8），HDF5Array，，，，生物比较
链接
建议	Illuminahumanmethylation450Kmanifest（> = 0.2.0），Illuminahumanmethylation450Kanno.ILMN12.HG19（> = 0.2.1），Minfidata（> = 0.18.0），minfidataepic，，，，Flowsorted.blood.450k（> = 1.0.1），运行，，，，消化，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown， 工具
系统要求
增强
URL	https://github.com/hansenlab/minfi
BugReports	https://github.com/hansenlab/minfi/issues
取决于我	Bigmelon，，，，冠军，，，，carpartmap，，，，Conumee，，，，dmrcate，，，，Flowsorted.blood.450k，，，，flowsorted.blood.epic，，，，Flowsorted.cordblood.450k，，，，Flowsorted.cordbloodcombined.450k，，，，Flowsorted.cordbloodnorway.450k，，，，Flowsorted.dlpfc.450k，，，，Illuminahumanmethylation27Kanno.ILMN12.HG19，，，，光照明27KManifest，，，，Illuminahumanmethylation450Kanno.ILMN12.HG19，，，，Illuminahumanmethylation450Kmanifest，，，，Illuminahumanmethylationepicanno.ilm10b2.hg19，，，，Illuminahumanmethylationepicanno.ilm10b3.hg19，，，，Illuminahumanmethylationepicanno.ILM10B4.HG19，，，，光照明甲基甲基化epicmanifest，，，，甲基化arrayAnalysy，，，，甲基菌，，，，Methyvimdata，，，，Minfidata，，，，minfidataepic，，，，REMP，，，，苯基甲基
进口我	enmix，，，，Funtoonorm，，，，一顿饭，，，，甲基化，，，，甲基接受，，，，甲基菌，，，，methyvim，，，，甲基小姐，，，，Quantro，，，，skewr
建议我	Brgedata，，，，CoperNeutralima，，，，epivizrchart，，，，哈曼，，，，MCSEA，，，，多胎，，，，rnbeads，，，，芝麻
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	minfi_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	minfi_1.32.0.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	minfi_1.32.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/minfi
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/minfi
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/minfi/
软件包下载报告	下载统计