甲基菌

doi：10.18129/b9.bioc.methylumi

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅甲基菌。

处理Illumina甲基化数据

生物导体版本：3.10

该软件包提供了用于保存和操纵Illumina甲基化数据的类。基于ESET，它可以包含迈阿密信息，示例信息，功能信息和多个数据矩阵。“智能”导入功能，甲基瘤可以读取Illumina文本文件并创建甲基截相。甲基瘤可以直接读取人甲基化27和人甲基化450微阵列中的原始IDAT文件。还包括了黄金酸盐，无fin和Infinium HD阵列的归一化，背景校正和质量控制功能。

作者：Sean Davis，Pan Du，Sven Bilke，Tim Triche，Jr。，Moiz Bootwalla

维护者：sean davis

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“甲基菌”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“甲基木”）

PDF	R脚本	甲基包装的介绍
PDF	R脚本	使用Illumina 450k阵列使用甲基
PDF		参考手册
文本		读书我

细节

生物浏览	CPGISLAND，，，，DNAMETHYLATY，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，软件，，，，两通道
版本	2.32.0
在生物导体中	Bioc 2.5（R-2.10）（10。5年）
执照	GPL-2
要看	生物酶，方法，r（> = 2.13），秤，，，，RESHAPE2，，，，GGPLOT2，，，，矩阵，，，，FDB.Infinium -Methylation.hg19（> = 2.2.0），Minfi
进口	生物基因，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，总结性特征，，，，生物酶，图形，格子，，，，注释，，，，GeneFilter，，，，AnnotationDbi，，，，Minfi，stats4，Illuminaio
链接
建议	Lumi，，，，格子，，，，林玛，，，，Xtable，，，，SQN，，，，大量的，，，，矩阵， 平行，rtracklayer，，，，生物弦，，，，甲基分析，，，，tcgamethylation450k，，，，Illuminahumanmethylation450Kanno.ILMN12.HG19，，，，FDB.Infinium -Methylation.hg18（> = 2.2.0），同性恋，，，，尼特
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/seandavi/methylumi/issues/new
取决于我	Bigmelon，，，，rnbeads，，，，skewr，，，，西瓜
进口我	FFPE，，，，Lumi，，，，甲基分析，，，，甲基小姐
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	甲基菌_2.32.0.tar.gz
Windows二进制	甲基菌_2.32.0.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	甲基菌_2.32.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylumi
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/甲基菌
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylumi/
软件包下载报告	下载统计