methylKit

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylKit

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅methylKit。

DNA甲基化分析亚硫酸氢从高通量测序结果

Bioconductor版本:3.10

methylKit是DNA甲基化分析R包从亚硫酸氢高通量测序和注释。包被设计成处理测序数据从rrb及其变体,也是目标捕捉亚硫酸氢方法和全基因组测序。它也有函数来分析碱基对决议5 hmc oxBS-Seq和TAB-Seq等实验数据协议。甲基化可以直接从执行调用俾斯麦BAM文件保持一致。

作者:Altuna Akalin (aut (cre),马提亚Kormaksson (aut),盛李(aut),温格Wabo[所有],阿德里安Bierling (aut),亚历山大Gosdschan (aut)

维护人员:Altuna Akalin < aakalin gmail.com >,亚历山大Gosdschan < alex。在gmail.com gos90 >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“methylKit”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“methylKit”)

HTML	R脚本	methylKit:用户指南v或packageVersion (methylKit) '
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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,MethylSeq,测序,软件
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),GenomicRanges(> = 1.18.1)方法
进口	IRanges,data.table(> = 1.9.6),平行,S4Vectors(> = 0.13.13),GenomeInfoDb,KernSmooth,qvalue,emdbook,Rsamtools,gtools,fastseg,rtracklayer,mclust,mgcv,Rcpp,R.utils,limma、grDevices图形、属性、跑龙套
链接	Rcpp,Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc
建议	testthat,knitr,rmarkdown,genomation,BiocManager
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	http://code.google.com/p/methylkit/
取决于我
进口我	MethCP,methInheritSim,methylInheritance
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	methylKit_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	methylKit_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	methylKit_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylKit
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methylKit
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylKit/
包下载报告	下载数据