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methylGSA
DOI:10.18129 / B9.bioc.methylGSA
此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见methylGSA．
利用差异甲基化结果的基因集分析
Bioconductor版本:3.10
甲基gsa的主要功能是甲基glm和甲基rra。methylGSA实现逻辑回归，调整探针数量作为协变量。methylRRA通过鲁棒秩聚合调整每个基因的多个p值。有关更详细的帮助信息，请参阅小插图。
作者:徐仁[aut, cre]，裴芬宽[aut]
维护人员:徐仁
引文(从R内，输入引用(“methylGSA”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("methylGSA")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“methylGSA”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | methylGSA: DNA甲基化数据集的基因集分析 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DNAMethylation，DifferentialMethylation，GeneRegulation，GeneSetEnrichment，通路，回归，软件 |
| 版本 | 1.4.9 |
| 在Bioconductor | BioC 3.8 (R-3.5)(1.5年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | R (>= 3.5) |
| 进口 | RobustRankAggreg，ggplot2，stringr统计数据,clusterProfiler，missMethyl，org.Hs.eg.db，reactome.db，BiocParallel，GO.db，AnnotationDbi，闪亮的，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown，testthat，enrichplot |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/reese3928/methylGSA |
| BugReports | https://github.com/reese3928/methylGSA/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | methylGSA_1.4.9.tar.gz |
| Windows二进制 | methylGSA_1.4.9.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | methylGSA_1.4.9.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylGSA |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methylGSA |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/methylGSA/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
