metavizr

DOI:10.18129 / B9.bioc.metavizr

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅metavizr。

R metaviz web应用程序接口交互的宏基因组数据分析和可视化

Bioconductor版本:3.10

这个包提供了Websocket沟通metaviz web应用程序(http://metaviz.cbcb.umd.edu)的宏基因组数据的交互式可视化。R / bioc交互式会话中的对象可以显示在情节和数据可以探索使用facetzoom可视化。支持基本Bioconductor数据结构(例如,MRexperiment对象),同时提供一个简单的机制来支持其他数据结构。可视化(使用d3.js)可以很容易地添加到web应用程序。

作者:赫克托耳Corrada布拉沃(cre, aut)弗罗林Chelaru (aut),贾斯汀·瓦格纳(aut) Jayaram Kancherla (aut),约瑟夫·保尔森(aut)

维修工:赫克托耳Corrada布拉沃< hcorrada gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“metavizr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“metavizr”)

HTML	R脚本	介绍metavizr
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GUI,ImmunoOncology,基础设施,宏基因组,软件,可视化
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(3年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.4),metagenomeSeq(> = 1.17.1)、方法data.table,Biobase,消化
进口	epivizr,epivizrData,epivizrServer,epivizrStandalone,素食主义者,GenomeInfoDb,phyloseq,httr
链接
建议	knitr,BiocStyle,matrixStats,msd16s(> = 0.109.1),etec16s,testthat,gss,curatedMetagenomicData
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	metavizr_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	metavizr_1.10.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	metavizr_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metavizr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ metavizr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/metavizr/
包下载报告	下载数据