metavizr

DOI:10.18129 / B9.bioc.metavizr

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅metavizr

R metaviz web应用程序接口交互的宏基因组数据分析和可视化

Bioconductor版本:3.10

这个包提供了Websocket沟通metaviz web应用程序(http://metaviz.cbcb.umd.edu)的宏基因组数据的交互式可视化。R / bioc交互式会话中的对象可以显示在情节和数据可以探索使用facetzoom可视化。支持基本Bioconductor数据结构(例如,MRexperiment对象),同时提供一个简单的机制来支持其他数据结构。可视化(使用d3.js)可以很容易地添加到web应用程序。

作者:赫克托耳Corrada布拉沃(cre, aut)弗罗林Chelaru (aut),贾斯汀·瓦格纳(aut) Jayaram Kancherla (aut),约瑟夫·保尔森(aut)

维修工:赫克托耳Corrada布拉沃< hcorrada gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“metavizr”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“metavizr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“metavizr”)

HTML R脚本 介绍metavizr
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews GUI,ImmunoOncology,基础设施,宏基因组,软件,可视化
版本 1.10.0
Bioconductor自 BioC 3.5 (r - 3.4)(3年)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于 R (> = 3.4),metagenomeSeq(> = 1.17.1)、方法data.table,Biobase,消化
进口 epivizr,epivizrData,epivizrServer,epivizrStandalone,素食主义者,GenomeInfoDb,phyloseq,httr
链接
建议 knitr,BiocStyle,matrixStats,msd16s(> = 0.109.1),etec16s,testthat,gss,curatedMetagenomicData
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 metavizr_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 metavizr_1.10.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) metavizr_1.10.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metavizr
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ metavizr
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/metavizr/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网