metagenomeFeatures

DOI:10.18129 / B9.bioc.metagenomeFeatures

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅metagenomeFeatures

探索标志基因序列分类注释

Bioconductor版本:3.10

metagenomeFeatures开发用于探索标志基因的分类注释宏基因组序列数据集。包可以用来探索标志基因的分类组成数据库或注释从标志基因序列metagenome实验。

作者:内森·d·奥尔森,约瑟夫·保尔森纳撒尼尔·赫克托耳Corrada布拉沃

维护人员:内森·d·奥尔森在umiacs.umd.edu < nolson >

从内部引用(R,回车引用(“metagenomeFeatures”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“metagenomeFeatures”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“metagenomeFeatures”)

HTML R脚本 metagenomeFeatures类和方法。
HTML R脚本 探索序列和系统发育多样性感兴趣的分类组。
HTML R脚本 使用metagenomeFeatures检索特性数据。
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释,ImmunoOncology,基础设施,宏基因组,微生物组,测序,软件
版本 2.6.0
Bioconductor自 BioC 3.2 (r - 3.2)(4.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.5),Biobase(> = 2.17.8)
进口 Biostrings(> = 2.36.4),S4Vectors(> = 0.23.18),dplyr(> = 0.7.0),dbplyr(> = 1.0.0),stringr(> = 1.0.0),lazyeval(> = 0.1.10),RSQLite(> = 1.0.0),magrittr(> = 1.5)、方法(> = 3.3.1),晶格(> = 0.20.33),(> = 3.5),解读(> =测试盒框)
链接
建议 knitr(> = 1.11),testthat(> = 0.10.0),rmarkdown(> = 1.3),devtools(> = 1.13.5),ggtree(> = 1.8.2),BiocStyle(> = 2.8.2),phyloseq(> = 1.24.2),forcats(> = 0.3.0),ggplot2(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/HCBravoLab/metagenomeFeatures
BugReports https://github.com/HCBravoLab/metagenomeFeatures/issues
取决于我
进口我 greengenes13.5MgDb,ribosomaldatabaseproject11.5MgDb,silva128.1MgDb
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 metagenomeFeatures_2.6.0.tar.gz
Windows二进制 metagenomeFeatures_2.6.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) metagenomeFeatures_2.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagenomeFeatures
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ metagenomeFeatures
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/metagenomeFeatures/
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