metagene2

DOI:10.18129 / B9.bioc.metagene2

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅metagene2。

一个包生产metagene情节

Bioconductor版本:3.10

这个包产生metagene情节比较保险的测序实验选定群组内的基因组区域。等分析可用于评估DNA-interacting蛋白质的绑定或测量反义转录启动子区域基因的长度。metagene2包可以管理所有方面的分析,从保险正常化情节方面根据试验元数据。引导指令分析是用来提供样品的意思是保险的置信区间。

作者:埃里克·弗尔涅(cre, aut]查尔斯·乔利Beauparlant (aut),塞德里克信托(aut) Arnaud所有权(aut)

维修工:埃里克·弗尔涅< fournier.eric。2在crchudequebec.ulaval.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“metagene2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“metagene2”)

HTML	R脚本	介绍metagene2
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,ChIPSeq,报道,遗传学,MultipleComparison,测序,软件
版本	1.2.1 "
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6),R6(> = 2.0),GenomicRanges,BiocParallel
进口	rtracklayer、工具、GenomicAlignments,GenomeInfoDb,IRanges,ggplot2,Rsamtools,DBChIP,purrr,data.table、方法、dplyr,magrittr
链接
建议	BiocGenerics,RUnit,knitr,BiocStyle,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ArnaudDroitLab/metagene2
BugReports	https://github.com/ArnaudDroitLab/metagene2/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	metagene2_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	metagene2_1.2.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	metagene2_1.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagene2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ metagene2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/metagene2/
包下载报告	下载数据