McSea.

DOI：10.18129 / b9.bioc.mcsea

此套餐适用于Biocumonds 3.10版;对于稳定的最新版本版本，请参阅McSea.。

甲基化CpGS设定富集分析

生物导体版本：3.10

使用Illumina的450K或Epic MicroArray数据从人类基因组鉴定预定区域（促进剂，CpG岛...）中的不同甲基化区域（DMRS）。提供基于线性模型对CPG探针进行排序的方法，包括绘图功能。

作者：Jordi Martorell-Marugán和Pedro Carmona-Sáez

维护者：Jordi Martorell-Marugán

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“3.6”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“mcsea”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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BROWSEVIGNETTES（“MCSEA”）

PDF.	r script.	使用MCSEA包预定义的DMRS识别
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	德甲基化那差分甲基化那表观遗传学那遗传学那GenomeanNotation.那免疫学那甲基化阵列那微阵列那多匹匹莫森那软件那两种通道
版本	1.6.0
在生物导体中以来	BIOC 3.7（R-3.5）（2年）
执照	GPL-2
依靠	r（> = 3.5），McSeadata.那homo.sapiens.
进口	生物雕那FGSEA.那基因组法那Genomicranges.那ggplot2.，图形，grdevices，GVIZ.那绞喉那林马， 平行，S4Vectors.，统计，概括分析，实用程序
链接到
建议	BioBase.那生物根系那生物焦那flowsorted.blood.450k.那kn那白血病eset那Minfi.那minfidata.那RAMAMAMDOW.那运行
系统要求
加强
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取决于我
进口我
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链接给我
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包档案包

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源包	mcsea_1.6.0.tar.gz.
Windows二进制文件	mcsea_1.6.0.zip.
Mac OS x 10.11（El Capitan）	mcsea_1.6.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/mcsea
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包/ mcsea
包短网址	https://biocumon.org/packages/mcsea/
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