光民

DOI:10.18129 / B9.bioc.lumi

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见光民．

用于Illumina甲基化和表达微阵列的BeadArray特定方法

Bioconductor版本:3.10

lumi包为Illumina微阵列数据分析提供了一个集成的解决方案。它包括Illumina BeadStudio (genome estudio)数据输入、质量控制、beadarray特定方差稳定、归一化和探针级基因注释功能。介绍了Illumina甲基化微阵列的加工功能，特别是Illumina Infinium甲基化微阵列的加工功能。

作者:潘度，理查德·布尔根，冯刚，西蒙·林

维护者:Pan Du ，黄磊，冯刚

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，微阵列，OneChannel，预处理，质量控制，软件，TwoChannel
版本	2.38.0
在Bioconductor	BioC 2.0 (R-2.5)(13年)
许可证	LGPL (>= 2)
取决于	R (>= 2.10)，Biobase(> = 2.5.5)
进口	affy(> = 1.23.4),methylumi2.3.2 (> =)GenomicFeatures，GenomicRanges，注释，晶格，mgcv(1.4 > = 0),nleqslv，KernSmooth，preprocessCore，RSQLite，DBI，AnnotationDbi，质量，图形，统计，统计s4，方法
链接
建议	beadarray，limma，vsn，lumiBarnes，lumiHumanAll.db，lumiHumanIDMapping，genefilter，RColorBrewer
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	arrayMvout，eQTL，ffpeExampleData，iCheck，lumiBarnes，lumiHumanIDMapping，lumiMouseIDMapping，lumiRatIDMapping，MAQCsubset，MAQCsubsetILM，mvoutData，西瓜
进口我	anamiR，ffpe，methyAnalysis，MineICA
建议我	beadarray，blima，哈曼，methylumi，tigre
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	lumi_2.38.0.tar.gz
Windows二进制	lumi_2.38.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	lumi_2.38.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lumi
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/lumi
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/lumi/
软件包下载报告	下载数据