lipidr

doi：10.18129/b9.bioc.lipidr

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅lipidr。

数据挖掘和脂肪组学数据集的分析

生物导体版本：3.10

Lipidr一个易于使用的R软件包，该软件包实现了完整的工作流程，用于下游分析目标和未定位的脂质组学数据。脂肪组学结果可以作为数值矩阵或天际线导出导入到Lipidr中，从而可以集成到当前的分析框架中。通过与代谢组工作台API集成，脂肪组学数据集的数据挖掘可以启用。Lipidr允许数据检查，归一化，单变量和多变量分析，显示信息性的可视化。Lipidr还实现了一种新型的脂质集富集分析（LSEA），利用分子信息，例如脂质类，链长和不饱和度。

作者：艾哈迈德·穆罕默德[CRE]，艾哈迈德·穆罕默德[aut]，杰弗里·莫伦迪克[aut]

维护者：艾哈迈德·穆罕默德（Ahmed Mohamed

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ lipidr”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Lipidr”）

html	R脚本	lipidr_workflow
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	脂质组学，，，，质谱，，，，正常化，，，，QualityControl，，，，软件，，，，可视化
版本	2.0.0
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（1年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	r（> = 3.6.0），总结性特征
进口	方法，统计，utils，Data.Table，，，，S4VECTORS，，，，rlang，，，，dplyr，，，，花花公子，，，，福卡，，，，GGPLOT2，，，，林玛，，，，fgsea，，，，ropls，，，，马格里特
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，Ggrepel，，，，情节，，，，iheatmapr，，，，拼写，，，，测试
系统要求
增强
URL	https://github.com/ahmohamed/lipidr
BugReports	https://github.com/ahmohamed/lipidr/issues/
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	lipidr_2.0.0.tar.gz
Windows二进制	lipidr_2.0.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	lipidr_2.0.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lipidr
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/lipidr
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/lipidr/
软件包下载报告	下载统计