kimod

DOI:10.18129 / B9.bioc.kimod

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅kimod。

多个Omics-Data k-tables方法集成

Bioconductor版本:3.10

这个包可以使用混合组学数据(转录组、蛋白质组学、晶片、rna-seq数据),引入以下改进:距离选项(数字和/或分类变量)为每个表,引导重采样技术的残差矩阵方法,使执行信心椭圆投影的个体,变量和biplot方法项目变量(基因表达)妥协。因为包的主要目的是使用这些技术使数据分析,它包括一个示例数据(即从四个不同的微阵列平台。95年,安捷伦,Affymetrix HGU Affymetrix HGU 133和Affymetrix HGU NCI-60细胞株133 + 2.0)。NCI60_4arrays列出包含NCI-60只有几百的基因微阵列数据随机选择在每个平台保持包的尺寸小。的数据是相同的包omicade4用来实现co-inertia分析。包的引用遵循APA-6th规范的风格。

作者:玛丽亚·劳拉Zingaretti Johanna Altair Demey-Zambrano, Jose Luis Vicente-Villardon强尼·拉斐尔Demey

维护人员:M L Zingaretti < m.lau。在gmail.com zingaretti >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“kimod”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“kimod”)

PDF	R脚本	kimod K-tables方法集成多个Omics-Data R
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData,GeneExpression,微阵列,蛋白质组学,软件,可视化
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(4年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.3),方法
进口	集群、图形、Biobase
链接
建议
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	kimod_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	kimod_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	kimod_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/kimod
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ kimod
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/kimod/
包下载报告	下载数据