icetea

DOI:10.18129 / B9.bioc.icetea

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅icetea。

把帽浓缩与转录表达分析

Bioconductor版本:3.10

icetea(集成帽浓缩与转录表达分析)提供了多个5 '端到端分析功能分析方法如笼,横冲直撞,MAPCap,开始从原始读取使用复制转录起始点的检测。它还允许执行微分TSS检测组样品之间,因此,整合mRNA帽与转录表达浓缩信息分析。

作者:Vivek Bhardwaj (aut (cre)

维护人员:Vivek Bhardwaj < Bhardwaj在ie-freiburg.mpg.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“icetea”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“icetea”)

HTML	R脚本	分析记录5 '用icetea分析数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录,转录组
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(1.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	统计数据、跑龙套、方法、图形、grDevicesggplot2,GenomicFeatures,ShortRead,BiocParallel,Biostrings,S4Vectors,Rsamtools,BiocGenerics,IRanges,GenomicAlignments,GenomicRanges,rtracklayer,SummarizedExperiment,VariantAnnotation,limma,刨边机,csaw,DESeq2,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene
链接
建议	knitr,rmarkdown,Rsubread(> = 1.29.0),testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/vivekbhr/icetea
BugReports	https://github.com/vivekbhr/icetea/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	icetea_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	icetea_1.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	icetea_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/icetea
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ icetea
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/icetea/
包下载报告	下载数据