打rep
doi：10.18129/b9.bioc.hicrep
此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅打rep。
测量HI-C数据的可重复性
生物导体版本：3.10
HI-C是一种用于研究全基因组染色质相互作用的强大技术。但是，当前评估HI-C数据可重复性的方法可以产生误导性结果，因为它们忽略了HI-C数据中的空间特征，例如域结构和距离依赖性。我们提出了一种新颖的可重复性度量，该度量系统地考虑了这些特征。该措施可以评估在广泛设置下HI-C矩阵之间的成对差异，并可用于确定最佳测序深度。与现有方法相比，与现有方法相比，它在区分可重复性和描述细胞谱系相互关系的细微差异方面始终显示出更高的准确性。此R软件包“ Hicrep”实现了我们的方法。
作者：Tao Yang [AUT，CRE]
维护者：tao yang
引用（从r内，输入引用（“打hicrep”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ hicrep”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“打hicrep”）
| html | R脚本 | 用`hicrep'评估HI-C数据的可重复性 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 嗝，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.10.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.5（R-3.4）（3年） |
| 执照 | GPL（> = 2.0） |
| 要看 | R（> = 3.4） |
| 进口 | 统计 |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，rmarkDown，，，，测试 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | hicrep_1.10.0.tar.gz |
| Windows二进制 | hicrep_1.10.0.zip（32-和64位） |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | hicrep_1.10.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hicrep |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/hicrep |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/hicrep/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
