groHMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.groHMM

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅groHMM。

GRO-seq分析管道

Bioconductor版本:3.10

管道GRO-seq数据的分析。

作者:查尔斯·g·丹科米崔,安德烈•马丁斯w·李·克劳斯

维护人员:Anusha Nagari < Anusha。nagari utsouthwestern.edu >,郁金香Nandu <郁金香。nandu utsouthwestern.edu >, w·李·克劳斯< lee.kraus utsouthwestern.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“groHMM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“groHMM”)

PDF	R脚本	groHMM教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	测序,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.0.2),质量平行,S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomeInfoDb,GenomicRanges(> = 1.31.8),GenomicAlignments(> = 1.15.6),rtracklayer(> = 1.39.7)
进口
链接
建议	BiocStyle,GenomicFeatures,刨边机,org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Kraus-Lab/groHMM
BugReports	https://github.com/Kraus-Lab/groHMM/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	groHMM_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	groHMM_1.20.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	groHMM_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/groHMM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ groHMM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/groHMM/
包下载报告	下载数据