gpart软件

DOI:10.18129 / B9.bioc.gpart

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅gpart软件。

分区密集的测序数据通过识别人类基因组单体型

Bioconductor版本:3.10

我们提供一个新的SNP序列分区方法分区整个SNP序列基于不仅LD块结构,而且基因的位置信息。LD块施工GPART软件是使用Big-LD执行算法,使用额外的改进从先前版本报道金正日et al。(2017)。我们也添加一个可视化工具显示LD的LD的热图的信息块边界和基因位置在包。

作者:金太阳啊(cre, aut cph], Yun Joo Yoo (aut (cph)

维修工:太阳啊金< sunnyeesl gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“gpart软件”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“gpart软件”)

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细节

biocViews	聚类,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R(> = 3.5.0)、网格Homo.sapiens,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
进口	igraph,biomaRt,Rcpp,data.table,OrganismDbi,AnnotationDbi,统计grDevices跑龙套,GenomicRanges,IRanges
链接	Rcpp
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	gpart_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	gpart_1.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	gpart_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gpart
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gpart软件
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gpart/
包下载报告	下载数据