GMAPR

doi:10.18129/b9.bioc.gmapr

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅GMAPR

gmap/gsnap/gstruct Suite的R接口

生物导体版本:3.10

GSNAP和GMAP是一对可以对齐Tom Wu编写的短阅读数据的工具。该软件包提供了与GMAP和GSNAP一起使用的便利方法。此外,它还提供了使用BAM_TALLY工具以每核苷酸为基础进行对齐结果的方法。

作者:Cory Barr,Thomas Wu,Michael Lawrence

维护者:迈克尔·劳伦斯(Michael Lawrence)

引用(从r内,输入引用(“ gmapr”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ gmapr”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ gmapr”)

PDF R脚本 GMAPR
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 结盟,,,,软件
版本 1.28.0
在生物导体中 Bioc 2.11(R-2.15)(7。5年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 2.15.0),方法,GenomeInfodB(> = 1.1.3),基因组机(> = 1.31.8),rsamtools(> = 1.31.2)
进口 S4VECTORS(> = 0.17.25),iranges(> = 2.13.12),生物基因(> = 0.25.1),rtracklayer(> = 1.39.7),GenomicFeatures(> = 1.31.3),生物弦,,,,变体(> = 1.25.11),工具,生物酶,,,,BSGENOME,,,,基因组签名(> = 1.15.6),生物比较
链接
建议 运行,,,,bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3,,,,BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER3,,,,org.hs.eg.db,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,肺部
系统要求
增强
URL
取决于我 htseqgenie
进口我 mmappr2,,,,mtseeker
建议我 mtseekerdata,,,,变体工具,,,,VariantToolsData
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 gmapr_1.28.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(El Capitan) gmapr_1.28.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gmapr
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/gmapr
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/gmapr/
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