GMAPR
doi：10.18129/b9.bioc.gmapr
此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅GMAPR。
gmap/gsnap/gstruct Suite的R接口
生物导体版本：3.10
GSNAP和GMAP是一对可以对齐Tom Wu编写的短阅读数据的工具。该软件包提供了与GMAP和GSNAP一起使用的便利方法。此外，它还提供了使用BAM_TALLY工具以每核苷酸为基础进行对齐结果的方法。
作者：Cory Barr，Thomas Wu，Michael Lawrence
维护者：迈克尔·劳伦斯（Michael Lawrence）
引用（从r内，输入引用（“ gmapr”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ gmapr”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ gmapr”）
| R脚本 | GMAPR | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 结盟，，，，软件 |
| 版本 | 1.28.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.11（R-2.15）（7。5年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | R（> = 2.15.0），方法，GenomeInfodB（> = 1.1.3），基因组机（> = 1.31.8），rsamtools（> = 1.31.2） |
| 进口 | S4VECTORS（> = 0.17.25），iranges（> = 2.13.12），生物基因（> = 0.25.1），rtracklayer（> = 1.39.7），GenomicFeatures（> = 1.31.3），生物弦，，，，变体（> = 1.25.11），工具，生物酶，，，，BSGENOME，，，，基因组签名（> = 1.15.6），生物比较 |
| 链接 | |
| 建议 | 运行，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3，，，，BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER3，，，，org.hs.eg.db，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，肺部 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | htseqgenie |
| 进口我 | mmappr2，，，，mtseeker |
| 建议我 | mtseekerdata，，，，变体工具，，，，VariantToolsData |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | gmapr_1.28.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | gmapr_1.28.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gmapr |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/gmapr |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/gmapr/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
