GGBIO

doi:10.18129/b9.bioc.ggbio

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅GGBIO

基因组数据的可视化工具

生物导体版本:3.10

GGBIO软件包扩展并专门针对生物学数据的图形语法。这些图形旨在回答常见的科学问题,尤其是那些经常询问的高通量基因组数据。在适当的情况下,支持所有核心生物导体数据结构。该软件包支持特定基因组区域以及全基因组概述的详细观点。支持的概述包括意识形态图和宏伟的线性视图。高级图包括序列片段长度,与数据视图的边缘连锁间隔,不匹配堆积和几个剪接摘要。

作者:Tengfei Yin [AUT],Michael Lawrence [AUT,THS,CRE],Dianne Cook [AUT,THS],Johannes Rainer [CTB]

维护者:迈克尔·劳伦斯(Michael Lawrence)

引用(从r内,输入引用(“ GGBIO”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ ggbio”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ GGBIO”)

PDF 第0部分:介绍和快速开始
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 基础设施,,,,软件,,,,可视化
版本 1.34.0
在生物导体中 Bioc 2.9(R-2.14)(8。5年)
执照 艺术2.0
要看 方法,生物基因,,,,GGPLOT2(> = 1.0.0)
进口 网格,grdevices,图形,统计,utils,栅格,,,,,,,,RESHAPE2,,,,gtable,,,,HMISC,,,,Biovizbase(> = 1.29.2),生物酶,,,,S4VECTORS(> = 0.13.13),iranges(> = 2.11.16),GenomeInfodB(> = 1.1.3),基因组机(> = 1.29.14),总结性特征,,,,生物弦,,,,rsamtools(> = 1.17.28),基因组签名(> = 1.1.16),BSGENOME,,,,变体(> = 1.11.4),rtracklayer(> = 1.25.16),GenomicFeatures(> = 1.29.11),有机体,,,,ggally,,,,Ensembldb(> = 1.99.13),AnnotationDbi,,,,AnnotationFilter,,,,rlang
链接
建议 VSN,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,同性恋,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,chipseq,,,,txdb.mmusculus.ucsc.mm9,,,,尼特,,,,生物使用,,,,测试,,,,ensdb.hsapiens.v75,,,,Tinytex
系统要求
增强
URL http://tengfei.github.com/ggbio/
BugReports https://github.com/tengfei/ggbio/issues
取决于我 咖啡店,,,,Intansv
进口我 derfinderplot,,,,Fourcseq,,,,Genomicozone,,,,MSGBSR,,,,pi,,,,R3CPET,,,,稀有,,,,报告工具,,,,肋骨蛋白,,,,颈背,,,,躯体签名
建议我 Beadarray,,,,Ensembldb,,,,gqtlstats,,,,Gwascat,,,,ihwpaper,,,,InteractiveSplay,,,,地区报告,,,,rnbeads,,,,single.mtec.transcriptomes,,,,somaticccanceralterations,,,,结构视频隔离
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 ggbio_1.34.0.tar.gz
Windows二进制 ggbio_1.34.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) ggbio_1.34.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggbio
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/ggbio
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/ggbio/
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