GGBIO

doi：10.18129/b9.bioc.ggbio

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅GGBIO。

基因组数据的可视化工具

生物导体版本：3.10

GGBIO软件包扩展并专门针对生物学数据的图形语法。这些图形旨在回答常见的科学问题，尤其是那些经常询问的高通量基因组数据。在适当的情况下，支持所有核心生物导体数据结构。该软件包支持特定基因组区域以及全基因组概述的详细观点。支持的概述包括意识形态图和宏伟的线性视图。高级图包括序列片段长度，与数据视图的边缘连锁间隔，不匹配堆积和几个剪接摘要。

作者：Tengfei Yin [AUT]，Michael Lawrence [AUT，THS，CRE]，Dianne Cook [AUT，THS]，Johannes Rainer [CTB]

维护者：迈克尔·劳伦斯（Michael Lawrence）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ ggbio”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ GGBIO”）

PDF		第0部分：介绍和快速开始
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	基础设施，，，，软件，，，，可视化
版本	1.34.0
在生物导体中	Bioc 2.9（R-2.14）（8。5年）
执照	艺术2.0
要看	方法，生物基因，，，，GGPLOT2（> = 1.0.0）
进口	网格，grdevices，图形，统计，utils，栅格，，，，秤，，，，RESHAPE2，，，，gtable，，，，HMISC，，，，Biovizbase（> = 1.29.2），生物酶，，，，S4VECTORS（> = 0.13.13），iranges（> = 2.11.16），GenomeInfodB（> = 1.1.3），基因组机（> = 1.29.14），总结性特征，，，，生物弦，，，，rsamtools（> = 1.17.28），基因组签名（> = 1.1.16），BSGENOME，，，，变体（> = 1.11.4），rtracklayer（> = 1.25.16），GenomicFeatures（> = 1.29.11），有机体，，，，ggally，，，，Ensembldb（> = 1.99.13），AnnotationDbi，，，，AnnotationFilter，，，，rlang
链接
建议	VSN，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，同性恋，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，chipseq，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm9，，，，尼特，，，，生物使用，，，，测试，，，，ensdb.hsapiens.v75，，，，Tinytex
系统要求
增强
URL	http://tengfei.github.com/ggbio/
BugReports	https://github.com/tengfei/ggbio/issues
取决于我	咖啡店，，，，Intansv
进口我	derfinderplot，，，，Fourcseq，，，，Genomicozone，，，，MSGBSR，，，，pi，，，，R3CPET，，，，稀有，，，，报告工具，，，，肋骨蛋白，，，，颈背，，，，躯体签名
建议我	Beadarray，，，，Ensembldb，，，，gqtlstats，，，，Gwascat，，，，ihwpaper，，，，InteractiveSplay，，，，地区报告，，，，rnbeads，，，，single.mtec.transcriptomes，，，，somaticccanceralterations，，，，结构视频隔离
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	ggbio_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	ggbio_1.34.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	ggbio_1.34.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggbio
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/ggbio
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/ggbio/
软件包下载报告	下载统计