geneRxCluster

DOI:10.18129 / B9.bioc.geneRxCluster

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见geneRxCluster．

gRx微分聚类

Bioconductor版本:3.10

检测基因组位点的差异聚类，如基因治疗整合。该软件包提供了一些功能，用于探索来自两个不同来源的基因组插入位点。这两个来源可能是两种不同的基因治疗载体。向量是首选的目标敏感区域较少频繁，激励搜索局部集群的插入和比较由不同向量的积分形成的集群。扫描统计可以发现聚类中的空间差异，并计算错误发现率(FDRs)，为比较逆转录病毒载体提供统计方法。这里实现了使用多个窗口宽度比较两个向量的扫描统计量，以检测聚类差异并计算fdr。

作者:查尔斯·贝里

维护者:Charles Berry

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("geneRxCluster")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“geneRxCluster”)

PDF	R脚本	使用geneRxCluster
PDF		参考手册

细节

biocViews	聚类，遗传学，测序，软件
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(6年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	GenomicRanges，IRanges
进口
链接
建议	RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	geneRxCluster_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	geneRxCluster_1.22.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	geneRxCluster_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/geneRxCluster
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/geneRxCluster
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/geneRxCluster/
软件包下载报告	下载数据