geecc

DOI:10.18129 / B9.bioc.geecc

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见geecc．

基因集富集分析扩展到权数立方

Bioconductor版本:3.10

使用对数线性模型对两个(基于列联表)或三个类别(列联立方)的基因集富集进行超几何和卡方检验。分类可以是差异表达基因、GO术语、序列长度、GC含量、染色体位置、系层、分化层、....

作者:Markus Boenn

维护者:Markus Boenn < Markus。Boenn at ufz.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("geecc")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“geecc”)

PDF	R脚本	geecc用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiologicalQuestion，去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，ImmunoOncology，微阵列，RNASeq，软件，StatisticalMethod，转录，WorkflowStep
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(5.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R(>= 3.3.0)，方法
进口	质量，hypergea1.3.0(> =版本),gplots，Rcpp(>= 0.11.3)，图形，统计，utils
链接	Rcpp
建议	hgu133plus2.db，GO.db，AnnotationDbi
SystemRequirements	Rcpp
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	geecc_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	geecc_1.20.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	geecc_1.20.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/geecc
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/geecc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/geecc/
软件包下载报告	下载数据