gCrisprTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.gCrisprTools

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见gCrisprTools

集合Crispr筛选QC和分析的功能套件

Bioconductor版本:3.10

用于评估汇集的高通量筛选实验的工具集,通常采用CRISPR/Cas9或shRNA表达盒。包含在实验中询问库和盒式行为的方法,识别差异丰富的盒式,聚集信号以确定经验验证的候选目标,假设检验和综合报告。

作者:Russell Bainer, Dariusz Ratman, Steve Lianoglou, Peter Haverty

维护者:Peter Haverty < Haverty。Peter在gene.com>

引文(从R内,输入引用(“gCrisprTools”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("gCrisprTools")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“gCrisprTools”)

超文本标记语言 R脚本 Example_Workflow_gCrisprTools
超文本标记语言 R脚本 gCrisprTools_Vignette
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文本 新闻

细节

biocViews BiomedicalInformaticsCRISPRCellBiologyDifferentialExpressionExperimentalDesignFunctionalGenomicsGeneSetEnrichment遗传学ImmunoOncologyMultipleComparison归一化遗传药理学药物基因组学PooledScreens预处理质量控制RNASeq回归软件SystemsBiology可视化
版本 1.14.0
在Bioconductor BioC 3.4 (R-3.3)(3.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.3)
进口 BiobaselimmaRobustRankAggregggplot2PANTHER.dbrmarkdown, grDevices,图形,统计,utils,并行
链接
建议 刨边机knitr、网格AnnotationDbiorg.Mm.eg.dborg.Hs.eg.dbRUnitBiocGenerics
SystemRequirements
增强了
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全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 gCrisprTools_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 gCrisprTools_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) gCrisprTools_1.14.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gCrisprTools
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gCrisprTools
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/gCrisprTools/
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