鱼池
doi：10.18129/b9.bioc.fishpond
此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅鱼池。
Fishpond：差异转录本和基因表达，具有推论重复
生物导体版本：3.10
Fishpond包含用于使用推断的重复作用，用于对RNA-seq数据进行差异转录和基因表达分析的方法，这些重复是通过Gibbs采样或自举抽样产生的不确定性丰度定量的不确定性。该软件包还包含用于使用鲑鱼和Alevin量化文件的实用程序。
作者：Anqi Zhu，Avi Srivastava，Joseph Ibrahim，Rob Patro，Michael Love
维护者：迈克尔·洛夫（Michael Love）
引用（从r内，输入引用（“鱼池”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ fishpond”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Fishpond”）
| html | R脚本 | DTE和DGE具有推论重复 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 替代方案，，，，批处理效应，，，，差异性，，，，差速器，，，，基因表达，，，，多重组合，，，，正常化，，，，rnaseq，，，，回归，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录，，，，可视化 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.9（R-3.6）（1年） |
| 执照 | GPL-2 |
| 要看 | |
| 进口 | 图形，统计，utils，方法，艾宾，，，，gtools，，，，QVALUE，，，，S4VECTORS，，，，总结性特征，，，，矩阵，，，，SVMISC，，，，RCPP |
| 链接 | RCPP |
| 建议 | 测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，巨噬细胞，，，，tximeta，，，，org.hs.eg.db，，，，萨姆，，，，deseq2，，，，apeglm |
| 系统要求 | C ++ 11 |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/mikelove/fishpond |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | tximport |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | fishpond_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | fishpond_1.2.0.zip（32-和64位） |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | fishpond_1.2.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fishpond |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/fishpond |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/fishpond/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
