fgsea

doi：10.18129/b9.bioc.fgsea

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅fgsea。

快速基因集富集分析

生物导体版本：3.10

该软件包实现了一种用于快速基因集富集分析的算法。使用快速算法可以进行更多的排列并获得更细的粒子p值，从而可以使用精确的Stantard方法进行多种假设校正。

作者：Gennady Korotkevich [AUT]，Vladimir Sukhov [aut]，Alexey Sergushichev [aut，CRE]

维护者：gmail.com上的Alexey Sergushichev

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ fgsea”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ FGSEA”）

html	R脚本	使用FGSEA软件包
html	R脚本	使用fgseamultlevel函数
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	差异性，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，途径，，，，软件
版本	1.12.0
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（3.5岁）
执照	麻省理工学院 +文件许可证
要看	r（> = 3.3），RCPP
进口	Data.Table，，，，生物比较，统计GGPLOT2（> = 2.2.0），栅格， 网格，FastMatch，，，，矩阵，UTILS
链接	RCPP，，，，BH
建议	测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，Reactome.db，，，，AnnotationDbi， 平行，org.mm.eg.db，，，，林玛，，，，地球
系统要求	C ++ 11
增强
URL	https://github.com/ctlab/fgsea/
BugReports	https://github.com/ctlab/fgsea/issues
取决于我	GSEAN，，，，ppinfer
进口我	Aspediafi，，，，Cemitool，，，，CTRAP，，，，剂量，，，，lipidr，，，，MCSEA，，，，phantasus，，，，钢琴，，，，SignaturesEarch
建议我	MDP，，，，pi
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	fgsea_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	fgsea_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	fgsea_1.12.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fgsea
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/fgsea
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/fgsea/
软件包下载报告	下载统计